以阿鲁鲁为首的始源星族，自称是奇轮星和奇轮战士的主人，奇轮王烈焰被擒获，并被强行给予神兽轮，变成只懂破坏的工具。失控烈焰在地球大肆破坏，但在小萨儿子小吉爱的呼唤下恢复清醒，并吸收神兽轮的力量，升级为全新形态。此时小萨因调…

未来世界中有一个列车英雄团队——列车超人，他们背负着造福人类、守护地球的使命。每当世界各地出现灾难或危机时，列车超人就会沿着铁路线全体出动，齐心协力地去化解危机。